Sentieon
Sentieon荣获2019“Bio-IT最佳创新实践奖”
02.May
2019

2019 Bio-IT World Conference & Expo年会于4月16号到4月18号在美国马塞诸塞州波士顿市举行。自2002年开办以来,这个会议作为IT技术和生物医药研究的跨界活动,已经在业界确立了稳固的声望,每年都会吸引全球超过40个国家,近3000名从事生物科技,创新制药,临床研究,IT技术等各领域的业界专家前来参会。



在今年的会议上,首次颁布了“最佳创新实践奖(Innovative Practices AwardsWinners)”, 以肯定和奖励在该领域作出突出贡献,并有独特影响力的项目和产品。Bio-IT World 的主任编辑介绍道,“这些奖项旨在表彰生命科学领域里专注和创新的精神,所选择的获奖者将彰显我们行业所做的那些鼓舞人心的工作。”

 

经过多轮的推荐和选拔,Sentieon,Abbvie和Novo Nordisk最终并列获得这项殊荣。

 

在给Sentieon的颁奖理由中,Bio-IT评审委员会写到:

"SentieonBWA/GATK严格的数学模型的基础上,重新设计了算法和软件的实现,实现了高效率,更好的可用性和100%的一致性。Sentieon的软件包基于与BWA-MEM,GATK,MuTect,MuTect2流程相同的数学模型,实现了3-10倍的加速,更低的内存需求,并通过消除降采样和线程依赖性实现100%的结果一致性。Sentieon软件可自动扩展,从而有效使用所有可用的CPU计算资源。此外,改进的计算算法使得Sentieon软件能够在无需中间步骤的情况下,实现了一次性完成数万个全基因组的joint calling。"


英文原文如下:

To aid the genomics industry without adding "yet another variant caller," Sentieon identified BWA/GATK as high-quality tools because of the rigor of their mathematical models and resulting accuracy. Sentieon has improved on this foundation using redesigned computational algorithms with high efficiency, better usability, and 100% consistency. Sentieon’s software package realizes the same math as in BWA-MEM, GATK, MuTect, MuTect2 based pipelines, while using 3-10x fewer core hours, lower memory requirements, and achieving 100% consistency by removing downsampling and thread dependency. Sentieon software automatically scales to efficiently use all available CPU cores. Further, improved computational algorithms enable Sentieon software to joint-call large cohorts of tens of thousands of genomes without intermediate steps.


Bio-IT官方颁奖新闻可以点击文章末尾“阅读原文”看到。


在本次Bio-IT奖项之前,Sentieon软件就荣获过PrecisionFDA Consistency Challenge, Truth Challenge以及Warm-up Challenge挑战赛,ICGC-TCGA DREAM Challenge挑战赛的冠军。目前,Sentieon的产品在全球范围内被广泛应用于科研、临床、药物研发、农业育种等领域,经过了几百个客户、百万个样本的严格检验。


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